A 16 de abril de 2021 foi apresentada publicamente a versão final do PRR, que foi submetida 6 dias depois, dia 22 de abril, à Comissão Europeia. A 16 de Junho a Comissão Europeia aprovou o PRR, que se traduziu na Decisão de Execução do Conselho Europeu e do Parlamento a 13 de julho de 2021. Ainda no mesmo mês nos dias 27 e 29, foram assinados os Acordos de Financiamento e de Empréstimo. Seguiu-se a 18 de janeiro de 2022, a assinatura do Acordo Operacional.

A 26 de maio de 2023, foi submetida à Comissão Europeia a Atualização do PRR.

Portugal submeteu a 26 de maio a Reprogramação do PRR, que inclui o novo capítulo REPoweEU. A 22 setembro recebeu a avaliação positiva da Comissão Europeia e a 17 de outubro foi adotada a nova Decisão de Implementação do Conselho (CID) por parte do Conselho da União Europeia, na qual ficaram estabelecidos os 461 marcos e metas desembolso (Anexo CID), bem como a descrição dos objetivos dos investimentos e das Reformas. Com a atualização da reprogramação o PRR passa a ter uma dotação de 22,2 mil milhões de euros, para concretizar 44 reformas e 117 investimentos.

O PRR atualizado apresenta uma maior ambição, não tendo reduzido número de investimentos ou reformas e tendo, maioritariamente, incrementado os seus objetivos. O plano tem, neste momento, um foco ainda maior na transição verde, alocando 41,2% (37,9% no plano original) dos fundos disponíveis a medidas que apoiam objetivos climáticos, mantém a ambição na transição digital, dedicando 21,1% de sua dotação total e reforça a ambição da dimensão social.

A aplicação eficaz e eficiente dos recursos do Plano de Recuperação e Resiliência exige um modelo de governação bem definido, que garanta um elevado grau de coordenação entre os diversos atores e que tenha em consideração princípios fundamentais como a simplificação, a transparência e prestação de contas, a participação, a centralização da gestão e a descentralização na execução, a segregação de funções e a orientação para resultados.

Procurando um relacionamento estreito com os executores da política, com os quais se contratualizará resultados físicos e financeiros baseados em marcos e metas, optou-se por um modelo de execução que recorre a entidades intermediárias, quando necessário.

O Modelo de governação tem quatro níveis de coordenação:

Nível estratégico de coordenação política assegurado pela Comissão Interministerial do PRR, presidida pelo Primeiro-Ministro e composta pelos membros do Governo responsáveis pelas áreas da Presidência, da Economia e da Transição Digital, dos Negócios Estrangeiros,  das Finanças, do Planeamento e do Ambiente e da Ação Climática;

Nível de acompanhamento assegurado pela Comissão Nacional de Acompanhamento, presidida por uma personalidade independente e personalidades de reconhecido mérito, e que integra um alargado conjunto de entidades do setor empresarial, da ciência e conhecimento, da área social e cooperativa e dos territórios;

Nível de coordenação técnica e de monitorização assegurado pela Estrutura de Missão Recuperar Portugal, em articulação com a Agência para o Desenvolvimento e Coesão, I. P.  e o Gabinete de Planeamento, Estratégia, Avaliação e Relações Internacionais do Ministério das Finanças (GPEARI);

Nível de auditoria e controlo assegurado por uma Comissão de Auditoria e Controlo (CAC), presidida pela Inspeção-Geral de Finanças (IGF) e que integra um representante da Agência para o Desenvolvimento e Coesão, I. P. e uma personalidade com carreira de reconhecido mérito na área da auditoria e controlo, cooptada pelos restantes membros.